コースの構成は，ほぼ前年通りで，月曜日午後に講演と研究部門紹介，火曜日から金曜日までの4日間を実習コースにあてました。その他の行事として，水曜日夕方に交流会，金曜日15時以降に研究室訪問を設定しました。
問題点としては，287名という多数の応募者の内，100名近い人を断らなくてはならなかったことがあげられます。またロッジに泊まれる人が限られているのも毎年の問題です。しかしながら200名近い受講生は，生理研のキャパシティから考えて，少し多すぎるのかも知れません。実際，脳機能画像解析入門のコースでは，人数が多すぎて冷房が効かないといった問題が起こりました。
関連企画としてトレーニングコースの直前に，生理学研究所『バイオとナノテクのアプローチ融合による生体センサー分子機構の解明に向けて』と文部科学省特定領域研究「統合脳5領域」レクチャーコース『神経科学の先端技術：分子・細胞から個体システムまで』の2つのレクチャーコースが催されました。いずれも参加者には好評でしたが，トレーニングコースと合わせて参加するには，期間・旅費の面で難しいという声も聴かれました。
なおトレーニングコース受講者を対象としたアンケートの集計は，生理研ウェブサイトhttp://www.nips.ac.jp/training/2005/TC2005Q.pdfに掲載しています。
- 【実習コース】
（１）
- 位相差断層電子顕微鏡の原理と実践
永山國昭，大河原浩，R. Danev，厚沢季美江（ナノ形態生理）
臼井信光（藤田保健衛生大），新井善博（日本電子）
- （２）
- 凍結割断レプリカ免疫標識法
重本隆一，深澤有吾（脳形態解析）
- （３）
- in situ hybridization法を用いた二重染色法
小野勝彦，田中謙二，等誠司，池中一裕（分子神経生理）
- （４）
- 超高圧電子顕微鏡による生物試料の立体観察
有井達夫，古家園子（形態情報解析室）
- （５）
- 局所神経回路構築の形態学的解析 A：光顕2重染色法，B：超薄連続切片シナプス観察法
窪田芳之，川口泰雄（大脳神経回路論）
- （６）
- 2光子励起顕微鏡法によるシナプス・開口放出の研究
河西春郎，根本知己（生体膜）
- （７）
- パッチクランプ基礎実験技術法
久木田文夫（神経分化），富永真琴，柴崎貢志，富樫和也，東智広（細胞生理）
鍋倉淳一，張一成，前島隆司（生体恒常機能発達機構）
清水貴浩，高橋信之，井上華，ダッタアマールクマール，沼田朋大，岡田泰伸（機能協関）
- （8A）
- パッチクランプバイオセンサー法 A：パッチクランプバイオセンサー法によるATP 放出解析
清水貴浩，高橋信之，井上華，ダッタアマールクマール，沼田朋大，岡田泰伸（機能協関）
- （8B）
- パッチクランプバイオセンサー法 B：穿孔パッチクランプバイオセンサー法による細胞内シグナル伝達解析
鍋倉淳一，張一成，前島隆司（生体恒常機能発達機構）
- （8C）
- パッチクランプバイオセンサー法 C：パッチクランプバイオセンサー法による温度受容解析
富永真琴，柴崎貢志，富樫和也，東智広（細胞生理）
- （９）
- in vitro 発現系を用いたイオンチャネル・受容体の機能解析
岡村康司，岩崎広英，村田喜理（神経分化）
久保義弘，立山充博，中條浩一，藤原祐一郎（神経機能素子）
- （10）
- スライスパッチクランプ法 A：初心者体験コース，B：一般コース
宮田麻理子，佐竹伸一郎，井上剛，佐々木幸恵，井本敬二（神経シグナル）
籾山俊彦（脳形態解析）
- （11）
- ゼブラフィッシュを用いた神経回路機能の解析
東島眞一（神経分化）
- （12）
- 摂食・飲水行動発現機構入門
箕越靖彦，岡本士毅，志内哲也，李順姫，斉藤久美子（生殖・内分泌系発達機構）
- （13）
- 電気生理学及び心理物理学的手法による視知覚メカニズムの解析
小松英彦，伊藤南，小川正，郷田直一，鯉田孝和（感覚認知情報）
- （14）
- 麻酔下動物での電気生理実験
伊佐正，関和彦，西村幸男（認知行動発達機構）
- （15）
- 慢性動物実験法入門
南部篤，畑中伸彦，橘吉寿，伊藤昭光，知見聡美，宮本香奈，高良沙幸（生体システム）
- （16）
- 脳磁図によるヒト脳機能研究の基礎
金桶吉起，柿木隆介（感覚運動調節）
- （17）
- 脳機能画像解析入門
田邊宏樹，定藤規弘，本田学，神作憲司，齋藤大輔，豊田浩士，
荒牧勇，原田宗子，守田知代（心理生理学）
- （18）
- 生理学実験のための電気回路・機械工作 −OPアンプによる増幅器とチェンバー作製−
小原正裕，山口登，戸川森雄，大庭明生（技術課）
