生理科学専攻では所属の5年一貫制１年次の日本人大学院生全員について月3万円の生理学研究所奨学金の支給を行っているほか、全年次の大学院生にRAなどによる各種の経済的サポートを行っています。
また博士後期課程の入学試験第一位合格者については、入学金や初年度の授業料相当額が支給されます（入学料免除、授業料免除を受ける場合を除く）。

【 生理研若手科学者賞 】

生理学研究所では、顕著な研究成果を上げた大学院生を顕彰する「生理研若手科学者賞」を設けました。以下の要件を満たした早期修了者を対象に生理研若手科学者賞を授与します。受賞者には、生理学研究所の博士研究員としてのポジションが一定期間（本来卒業するまでの期間）保証されます。

• 博士後期課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が３報以上あり、うち少なくとも１報の筆頭著者であること。


• ５年一貫制課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が４報以上あり、うち少なくとも２報の筆頭著者であること。