生理科学専攻では、日本人大学院生全員（日本学術振興会DC受給者を除く）についてRA制度（年額およそ１００万円）による雇用を行っています。
また、入学者全員について入学料相当額が生理学研究所奨学金から支給されます（入学料免除を受ける場合を除く）。また、5年一貫制３年次編入の入学試験第一位、第二位合格者については、初年度半期分の授業料納付を免除しています。本内容は平成２４年度の例を示したものです。

【 生理研若手科学者賞 】

生理学研究所では、顕著な研究成果を上げた大学院生を顕彰する「生理研若手科学者賞」を設けました。以下の要件を満たした早期修了者を対象に生理研若手科学者賞を授与します。受賞者には、生理学研究所の博士研究員としてのポジションが一定期間（本来卒業するまでの期間）保証されます。

• 博士後期課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が３報以上あり、うち少なくとも１報の筆頭著者であること。


• ５年一貫制課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が４報以上あり、うち少なくとも２報の筆頭著者であること。