目　　的

大学における学術研究の発展に資するため、生理学に関する総合研究を行うことを目的とする。
人体の生命活動の総合的な解明を究極の目標とし、随意運動の中枢機構、視覚聴覚等の情報処理、神経系の発生及び可塑性、興奮・分泌・輸送の分子機構等の究明を通じ、人体及び高等動物の生理機能について分析的、総合的な研究を行う。

設置形態

国立大学法人法により、国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所及び分子科学研究所が大学共同利用機関法人自然科学研究機構となった。

組　　織

6研究系、20 研究部門、4 センターと技術課を置いている。

共同利用

全国の大学の教員その他の者で、研究所の目的たる研究と同一の研究に従事する者の利用に供するとともに共同利用研究を行う。

総合研究大学院大学生理科学専攻の担当

総合研究大学院大学は学部を持たない大学院だけの大学であり、大学院の課程は５年一貫制博士課程。同大学は大学共同利用機関との緊密な連携・協力の下で教育研究を実施しており、生理学研究所はその一専攻を担当している。授与する学位は博士（学術）、博士（理学）又は博士（医学）である。

大学院教育協力

国立大学その他の大学の要請に応じ、当該大学の大学院における教育に協力する。

国際交流

生理学の分野の国際的な学術交流を活発化するため、研究者の交流や国際シンポジウム等を開催する。

運営組織

自然科学研究機構に、経営、教育研究及び機構運営に関する重要事項を審議するため経営協議会、教育研究評議会及び機構会議を置く。また、研究所に、研究教育職員の人事等、研究所の運営に関する重要事項で、所長が必要と認めるものについて所長の諮問に応じる運営会議を置く。

事務組織

研究所の事務は、自然科学研究機構岡崎統合事務センターが処理する。

1967年11月	日本学術会議は第 49 回総会において、人体基礎生理学研究所（仮称）の設立について内閣総理大臣に勧告した。
1973年10月	学術審議会は分子科学研究所、基礎生物学研究所（仮称）及び生理学研究所（仮称）を緊急に設立すべき旨、文部大臣に報告した。
1975年4月	昭和50 年度予算に岡崎基礎総合研究所（仮称）調査費が計上された。
1975年 5月	事務次官裁定により岡崎基礎総合研究所（仮称）調査会議が設置された。
1975年12月	岡崎基礎総合研究所（仮称）調査会議から文部大臣に報告が行われた。
1976年5月	昭和51 年度予算に分子科学研究所調査室経費が計上され、5 月10 日、文部大臣裁定により分子科学研究所に調査室（定員5 人）及び岡崎総合研究機構調査会議が設置された。
1976年6月	岡崎総合研究機構調査会議においては、昭和50 年度の岡崎基礎総合研究所（仮称）調査会議の報告を踏まえ岡崎地区における総合研究機構はさしあたり基礎生物学及び生理学の 2 研究所より構成することとし、その具体的な事項について調査検討した。
1977年5 月	生物科学総合研究機構（基礎生物学研究所、生理学研究所）が創設された。
（昭和52 年）	国立学校設置法の一部を改正する法律（昭和52 年法律第 29号）の施行により生物科学総合研究機構が創設され、機構に基礎生物学研究所及び生理学研究所が設置された。 創設初年度に設置された生理学研究所の組織は次のとおりである。 ・分子生理研究系　超微小形態生理研究部門　細胞器官研究系 ・生体膜研究部門　生体情報研究系　高次神経機構研究部門 ・生理機能研究施設　技術課 分子科学研究所の管理部が管理局となり、生物科学総合研究機構の事務を併せ処理することとなった。
1978 年4 月	生体調節研究系に高次液性調節研究部門が、細胞器官研究系に機能協関研究部門、能動輸送研究部門がそれぞれ設置された。
1979年4 月	生体調節研究系に高次液性調節研究部門が、細胞器官研究系に機能協関研究部門、能動輸送研究部門がそれぞれ設置された。
1980年4月	研究施設として動物実験施設が設置され、生体情報研究系に液性情報研究部門、情報記憶研究部門が設置された。
1981年4月	岡崎国立共同研究機構が創設された。
（昭和56 年）	国立学校設置法の一部を改正する法律（昭和56 年法律第23 号）の施行により、分子科学研究所及び生物科学総合研究機構（基礎生物学研究所、生理学研究所）は、昭和56 年4 月14 日をもって総合化され、3研究所は岡崎国立共同研究機構として一体的に運営されることとなった。
1982年4月	分子生理研究系に神経化学研究部門が設置された。
1984年4月	生体調節研究系に生体システム研究部門が設置された。
1988年10月	総合研究大学院大学が創設され、生理学研究所に同大学生命科学研究科生理科学専攻が置かれた。
1990年6月	研究施設として統合生理研究施設が設置された。
1998年4月	大脳皮質機能研究系が設置され、併せて、同系に脳形態解析研究部門、大脳神経回路論研究部門、及び心理生理学研究部門が設置された。 また、生理機能研究施設が廃止され、研究施設として脳機能計測センターが設置された。
2000年4月	動物実験施設が廃止された。 共通研究施設として、統合バイオサイエンスセンター、計算科学 研究センター、 動物実験センター、アイソトープ実験センターが設置された。
2003 年4月	統合生理研究施設が廃止された。 発達生理学研究系が設置され、併せて、同系に認知行動発達機構研究部門、生体恒常機能発達機構研究部門、生殖・内分泌系発達機構研究部門、環境適応機能発達研究部門が設置された。 また、分子生理研究系の超微小形態生理研究部門が分子神経生理研究部門に、生体情報研究系の神経情報研究部門が感覚認知情報研究部門に、生体調節研究系の高次神経性調節研究部門が感覚運動調節研究部門にそれぞれ改称された。
2004年4月	大学共同利用機関法人自然科学研究機構が創設された。 国立大学法人法（平成 15 年法律第 112 号）の施行により、国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所及び分子科学研究所が統合再編され、大学共同利用機関法人自然科学研究機構となった。 分子生理研究系神経化学研究部門が神経機能素子研究部門に、生体情報研究系液性情報研究部門が神経シグナル研究部門に、生体調節研究系が統合生理研究系に、同系高次液性調節研究部門が計算神経科学研究部門に、共通研究施設統合バイオサイエンスセンターが岡崎統合バイオサイエンスセンターにそれぞれ改称された。 岡崎国立共同研究機構管理局は大学共同利用機関法人自然科学研究機構岡崎統合事務センターとなった。
2005年11月	生体情報研究系高次神経機構研究部門が廃止され、行動・代謝分子解析センターが設置された。
2007年4月	分子生理研究系にナノ形態生理研究部門が、細胞器官研究系に細胞生理研究部門が、生体情報研究系に神経分化研究部門がそれぞれ配置された。
2008年4月	細胞器官研究系能動輸送研究部門が神経細胞構築研究部門に改称され、生体情報研究系情報記憶研究部門が廃止された。 また、脳機能計測センターが廃止され、新たに多次元共同脳科学推進センター、脳機能計測・支援センター及び情報処理・発信センターが設置された。
2009年4月	分子生理研究系細胞内代謝研究部門が廃止された。