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大学共同利用機関法人自然科学研究機構 生理学研究所

実習コース詳細_コース01-03Course List

ヒト脳計測データの解析

1. 脳波ダイナミクスのデータ解析入門

神経ダイナミクス研究部門　（北城　圭一）

内容 　本コースではヒトの脳波データを対象として、振動、同期等の脳のリズム現象とネットワークダイナミクスのデータ解析入門実習を行います。計算論と非線形動力学の観点に基づいた信号処理、時系列解析手法を用いて、安静時の多チャンネル脳波データを解析し、脳の振動同期ネットワークのダイナミクスを定量化、可視化します。既存の解析ツールをそのまま使うのではなく、簡単なプログラミングを行って自分の解析ツールを作り、脳波解析プログラミングが自分でできるようになることを目指します。また、基本的な解析パイプラインと関連する数理、及び、脳波同期研究の神経科学的な背景を理解することも目指します。
集合日時 7月 25日（火）　9:30
集合場所 オンライン
持ち物
  • MatlabをインストールしたノートPC
連絡事項
  • デュアルモニタ環境が望ましいです。
  • MATLABにはSignal processing toolboxが入っていることが望ましいです。難しい場合は事前にご相談ください。
  • 実習はZoomとSlackで行います。
スケジュール
7月 25日（火）　
講義・実習
7月 26日（水）　
講義・実習
7月 27日（木）　
講義・実習
7月 28日（金）　
実習・成果まとめ
*最終日は14時頃に終了する予定です。

02. SPMを用いたヒト脳のfMRIデータ解析入門

生体機能情報解析室　（福永　雅喜）

内容 　ヒトの脳活動を非侵襲的に計測できる fMRI (functional MRI; 機能的MRI) は、認知神経科学領域で必須のツールとなっています。本コースでは、fMRIデータ解析において広く利用されているソフトウェア (SPM12) を用いて実際に解析し、処理の手順と必要性を学びます。データの前処理、実験デザインと推定、統計検定、個人・集団解析といった基本処理の解説、実習を行います。さらに、多ボクセルパターン解析、デノイジングなど、新たな解析手法についても説明します。トレーニングコース受講後、一連のfMRI解析を参加者自身で実施できるようになることを目標とします。
　本年度はオンラインにて開催します。参加者の経験を把握するため、別途アンケートを実施しますのでご回答ください。
集合日時 7月 25日（火）　9:00
集合場所 オンライン(Zoom)
必要なもの 本コースはオンライン開催のため、受講参加者自身にPCをご用意して頂きます。
  • VirtualBox上の仮想マシンとしてLinux(Lin4Neuro)を走らせることが可能なコンピュータ。PCのスペックは、以下の推奨条件を参考にして下さい。
    （推奨環境）
    ・OS：Windows 10/11 64bit版 または macOS 10.15 (Catalina)/11.x (Big Sur)/12.x (Monterey)
    ・CPU: Intel Core i7/i9、Intel Core i5（クロック周波数2.0GHz以上）、または AMD Ryzen 5以上の性能を有するもの (注意: 現在、Apple M1/M2はVirtualBoxでLin4Neuroが動作できないため、ネイティブ環境でSPM12を利用するために必要な有償ソフトウエア MATLABのバージョン R2007a (7.4) から R2021b (9.11) のいずれかを個別にインストール頂く必要があります。また、ネイティブ環境の場合、完全なサポートができない場合があることをご承知おきください。)
    ・RAM：8GB以上 (可能ならば16GB以上を推奨します)
    ・ハードディスク：250GB以上の空き容量 (外付けハードディスクも可)
    ・２ボタン以上のUSBマウス (必須ではありませんが、持っていると便利です)、仮想環境のセットアップ等の準備方法は、開催前に別途連絡します。
    ・2画面のディスプレイ (自身の作業用とZoomの画面をうつすために2画面を推奨します。2画面が準備できない方は、Zoomの画面をうつすためだけのPCやタブレットがあると便利です。)
    ・仮想環境のセットアップ等の準備方法は、開催前に別途連絡します。
  • 安定したネットワーク接続環境
  • Zoomがメモリを相当量消費し動作が遅くなる場合があること、ご自身の作業画面と受講画面を切り替えずに見やすくできることから、仮想環境による解析用PCと、Zoom受講用のPCもしくはタブレットを別途をご準備されることをお薦めします。
連絡事項 　参加希望者はオンライン応募に加え、次の4項目のアンケートに回答し、本コース担当者 (メールアドレス： nipstrainingcourse[at]gmail.com([at]を@に変換)) に送ってください。応募者多数の場合、アンケート内容を参考に受講者の選考を行います。

1.　主たる実験者としてfMRI実験を実施する予定の有無
2.　fMRI画像解析の経験年数
3.　PC操作技術の有無（MATLABなどのソフトウェアの環境構築を一人でできる程度）
4.　統計の知識と実践（分散分析・重回帰分析）の有無。

メールの標題は「2023年TC参加アンケート回答」とし、〆切は募集締切日までとします。
スケジュール
7月 25日（火）　
講義・実習
7月 26日（水）　
講義・実習
7月 27日（木）　
講義・実習
7月 28日（金）　
実習・まとめ

03. 拡散強調MRIデータ解析による白質線維束分析入門

感覚認知情報　（竹村　浩昌）

内容 　ヒト脳の白質線維束を非侵襲的に計測することができる拡散強調MRIは、脳における機能構造連関を理解する上で重要な手法となりつつあります。しかし神経科学のツールとしての拡散強調MRIについて、日本国内ではまだ学ぶ機会が十分とは言えません。本コースでは、拡散強調MRIデータに関するソフトウェア (MRtrix3)を用いて拡散強調MRIデータの解析手法について学ぶ入門編のコースを提供することを目的とします。具体的には、データの前処理、各ボクセルへのモデルフィッティング、トラクトグラフィーなどの解析処理の説明及び実習をおこないます。さらにNODDIなどより高度な解析手法の内容や、より先端的な解析ソフトウェアについても講義形式にて説明します。本年度はオンライン開催を予定しております。　
集合日時 7月 25日（火）　9:00
集合場所 オンライン
持ち物
  • VirtualBox上の仮想マシンとしてLinux(Lin4Neuro)を走らせることが可能なコンピュータ。今回はオンライン開催を予定しているため、事前に解析環境をお手元に準備していただく必要があります。準備方法などについては、別途連絡をいたします。時間の関係で，当日はVirtualBoxのサポートはいたしません。推奨されるスペックは以下のとおりです。
    ・OS：Windows 10 64bit，MacOS 10.12.6 (Sierra) – 10.15 (Catalina),
    ・CPU: Intel Core i7/i9, Core i5 (2.0GHz以上), AMD Ryzen 5 以上，
    ・RAM：8GB以上，
    ・HDD（外付け可）：100Gb以上．
    　　（詳細はお問い合わせください）
  • ZOOMアカウント，Slackアカウント
  • （可能であれば）　Microsoft Office (Powerpoint)
  • 安定したネットワーク接続環境
  • ２画面で受講できる環境（ZOOM画面とご自身の作業用画面とを見やすく写すために，２画面あると便利です）
連絡事項 動物実験教育訓練は当コースへの受講は不要です。
スケジュール
7月 25日（火）　
講義・実習
7月 26日（水）　
講義・実習
7月 27日（木）　
講義・実習
7月 28日（金）　
講義・成果まとめ
*最終日は14時半頃に終了する予定です。

ポスター

大学院説明会

お問い合わせ

トレーニングコース2023事務局
（生理学研究所　細胞生理研究部門内）

E-Mail : training2023(at)nips.ac.jp

お問い合わせはメールにてお願いいたします