Igor Proの使い方の概要
NEURON_p03.pdfのスクリプト（NEURON_suppl_p03.pdf）(2018年1月)
NEURON_p03.pdfのソースコードなど（NeuronTex_p03.zip）(2018年1月)
久しぶりにアップデートしました。以下の点が変更部分です。
- ネットワークシミュレーションの部分を追加
- modファイルの使い方も例を追加
- グラフを書くのにPythonのmatplotlibを使用
- インストールなどの部分のアップデート
- Anaconda Pythonを使用
- ソースコードには、python版とhoc版がある（全く同じではないがほぼ同じ内容）
- MacOSとWindowsで一応の動作を確認
（matplotlibとNeuronのgraphを併用した場合に、graph出力がうまくいかないことがある） - MacOSのばあいはnrnviで、Windowsの場合はnrnguiで実行（グラフ機能のため）
- Linux（CentOS/Anaconda Python3.6）でも動作可
ーーー以下は旧バージョンーーー
A Simplified Introduction to NEURON Simulator ---（私的）NEURON事始め---第２版(Python版)（pdfファイル）(2012年1月13日)
Python版はMacOSで使用したもの。Linuxでもほぼ同様に動くと思います。Windowsで動かすには多少とも工夫が必要かもしれません。
A Simplified Introduction to NEURON Simulator ---（私的）NEURON事始め---（pdfファイル）
(2009年3月)(2010年7月 minor changes）
NEURON Simulatorで、ocインタープリタ(第２版ではPython)の理解に重点をおいた入門テキスト。簡単な神経細胞の活動電位、簡単なネットワークを作ることができるようになることを目指しています。いつまでたっても未完ですが、この入門テキストを学べば、単一神経細胞でのシミュレーションに関する知識をほぼマスターできると期待しています。
この入門テキスト(初版、第２版)では、GUIの要素を取り除いているので、結果を表示するためのツールを用意しました。NEURONのプログラムから呼び出して、波形を表示することができます。
- gc.zip (.NET Framework application, Visual Studio 2008で作成)
- G_src.zip gc.exeのソースコード。
- gc05.zip MacOS用プログラムのソースコード。作成されるプログラムgcは、コマンドラインから使用可能。 binary fileのみ対応。
- gcapp.dmg MacOS用バイナリ。Snow leopard 64bit用。
- gc.java java用プログラムのソースコード。コマンドラインから使用可能。binary fileのみ対応。Windows XP、MacOS、Linux/Ubuntuで動作確認済み。
- いずれのgcプログラムにも、マウスで範囲を設定して拡大する機能あり。左ボタンで横方向、右ボタンで縦方向。元に戻すには Ctrl^A
- gr008.zip openGLを用いたプログラム。コマンドラインから使用。拡大の方向は、マウスの最初の動きにより決定。元に戻すには、Aキーを使用。右ボタンは、ラインの色、X軸の設定に使用。LinuxおよびMacOSで使用可。
- データファイルは、すべてdoubleで、x[0], y1[0],y2[0], ..., yn[0], x[1], y1[1],y2[1], ..., yn[1], x[2], y1[2],y2[2], ..., yn[2], ... というように並んでいることを前提としている。
(電気生理学データフォーマット共通化ツール
- 2006年1月16日講義資料 GHK equation
- 2006年2月10日講義資料
- 2017年11月講義資料
（素人から見た）計算的神経科学領域の概説（講義スライド）
パッチクランプセットアップでのノイズ取りの基本的な方法
pdf版
XOPを用いてIgorに関数を組み込みます。
C言語によるプログラムの入門
Colquhounらの著作の要約。プログラムのソースコード(Matlab/Octave, C++，python)を含む。