研究リソース

last update: 16-Jan-2018

1. Pythonの使い方(2011, 2016追加)
2. Igor Proの使い方 (2001)(2010 追加)
Igor Proの使い方の概要
3. A Simplifed Introduction to the NEURON Simulator —NEURON を使い回す—第3版 (Python 版)(NEURON_p03.pdf)(2018年1月)NEW
NEURON_p03.pdfのスクリプト(NEURON_suppl_p03.pdf)(2018年1月)NEW
NEURON_p03.pdfのソースコードなど(NeuronTex_p03.zip)(2018年1月)NEW

久しぶりにアップデートしました。以下の点が変更部分です。
  • ネットワークシミュレーションの部分を追加
  • modファイルの使い方も例を追加
  • グラフを書くのにPythonのmatplotlibを使用
  • インストールなどの部分のアップデート
  • Anaconda Pythonを使用
  • ソースコードには、python版とhoc版がある(全く同じではないがほぼ同じ内容)
  • MacOSとWindowsで一応の動作を確認
    (matplotlibとNeuronのgraphを併用した場合に、graph出力がうまくいかないことがある)
  • MacOSのばあいはnrnviで、Windowsの場合はnrnguiで実行(グラフ機能のため)
  • Linux(CentOS/Anaconda Python3.6)でも動作可

 ーーー以下は旧バージョンーーー

A Simplified Introduction to NEURON Simulator ---(私的)NEURON事始め---第2版(Python版)(pdfファイル)(2012年1月13日)
Python版はMacOSで使用したもの。Linuxでもほぼ同様に動くと思います。Windowsで動かすには多少とも工夫が必要かもしれません。

A Simplified Introduction to NEURON Simulator ---(私的)NEURON事始め---(pdfファイル)
(2009年3月)(2010年7月 minor changes)
NEURON Simulatorで、ocインタープリタ(第2版ではPython)の理解に重点をおいた入門テキスト。簡単な神経細胞の活動電位、簡単なネットワークを作ることができるようになることを目指しています。いつまでたっても未完ですが、この入門テキストを学べば、単一神経細胞でのシミュレーションに関する知識をほぼマスターできると期待しています。

この入門テキスト(初版、第2版)では、GUIの要素を取り除いているので、結果を表示するためのツールを用意しました。NEURONのプログラムから呼び出して、波形を表示することができます。
  • gc.zip (.NET Framework application, Visual Studio 2008で作成)
  • G_src.zip gc.exeのソースコード。
  • gc05.zip MacOS用プログラムのソースコード。作成されるプログラムgcは、コマンドラインから使用可能。 binary fileのみ対応。
  • gcapp.dmg MacOS用バイナリ。Snow leopard 64bit用。
  • gc.java java用プログラムのソースコード。コマンドラインから使用可能。binary fileのみ対応。Windows XP、MacOS、Linux/Ubuntuで動作確認済み。
  • いずれのgcプログラムにも、マウスで範囲を設定して拡大する機能あり。左ボタンで横方向、右ボタンで縦方向。元に戻すには Ctrl^A
  • gr008.zip openGLを用いたプログラム。コマンドラインから使用。拡大の方向は、マウスの最初の動きにより決定。元に戻すには、Aキーを使用。右ボタンは、ラインの色、X軸の設定に使用。LinuxおよびMacOSで使用可。
  • データファイルは、すべてdoubleで、x[0], y1[0],y2[0], ..., yn[0], x[1], y1[1],y2[1], ..., yn[1], x[2], y1[2],y2[2], ..., yn[2], ... というように並んでいることを前提としている。

4. Neuroshare.xop (2006年11月)
(電気生理学データフォーマット共通化ツール

5. 大学院講義資料(2006年1月〜3月)
6. 計算的アプローチをめぐって(2003)
(素人から見た)計算的神経科学領域の概説(講義スライド)

7. Noiseのとり方(2003)
パッチクランプセットアップでのノイズ取りの基本的な方法
pdf版
8. Igor ProでXOPを使う
XOPを用いてIgorに関数を組み込みます。

9. 簡単なプログラミング(1999)
C言語によるプログラムの入門

10. Q-matrixを用いたMarkov過程のシミュレーション (1997)(updated 22-Feb-2011)
Colquhounらの著作の要約。プログラムのソースコード(Matlab/Octave, C++,python)を含む。

   

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