研究会も毎年件数は増加しており２２年度は２２件が採択され約１,０００名の研究者が参加した。２３年度は２４件の開催が予定されている。各研究会では，具体的なテーマに絞った内容で国内の最先端の研究者を集め活発な討論が行われており，これをきっかけとして新たな共同研究が研究所内外で進展したり，科学研究費補助金「特定領域」が発足したりすることも多い。たとえば，１９９４～１９９６（平成６～８）年に「グリア研究若手の会」として行われた研究会はその後，特定領域 (B)「グリア細胞による神経伝達調節機構の解明」へと繋がり，その後現在の「グリア神経回路網」の特定領域と発展した。また，バイオ分子センサー関係の生理研研究会が２０年度から発足した特定領域研究「セルセンサー」に繋がった。この他，毎年行われるいわゆるシナプス研究会や痛みに関する研究会は，それぞれの日本における研究者コミュニティを形成する上で大いに役に立っており，新分野の創成にも貢献している。

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研究会：2006年度

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No.	日付	内容	氏名
8	2006年06月07日： 2006年09月08日	Neuro-glio-vascular interaction におけるプリン作動性シグナリングの病態生理的機能	代表者：南　雅文（北海道大学　大学院薬学研究科）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
7	2006年06月08日： 2006年06月09日	視知覚への多角的アプローチ　—生理、心理物理、計算論３	代表者：塩入　諭（東北大学電気通信研究所）担当者：小松　英彦（感覚認知情報）
23	2006年06月12日： 2006年06月13日	ＴＲＰチャネル研究会	代表者：井上　隆司（福岡大学　医学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
22	2006年06月26日： 2006年06月27日	バイオ分子センサー研究会	代表者：富永　真琴（自然科学研究機構　岡崎統合バイオサイエンスセンター）担当者：岡村　康司（神経分化）
10	2006年06月28日： 2006年06月29日	シナプス可塑性の分子的基盤	代表者：高橋　正身（北里大学　医学部）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
14	2006年07月24日： 2006年07月26日	Recent advances in cortical and hippocampal neural microcircuit studies　大脳皮質・海馬の局所神経回路研究	代表者：吉村　由美子（名古屋大学　環境医学研究所）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
3	2006年09月25日： 2006年09月26日	病態糖鎖研究会	代表者：辻　崇一（東海大学　未来科学技術共同研究センター）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
1	2006年09月28日： 2006年09月29日	膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて	代表者：老木　成稔（福井大学　医学部）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
2	2006年10月05日： 2006年10月06日	細胞シグナリングの時空間統御機構解明への方略探索	代表者：曽我部　正博（名古屋大学大学院医学系研究科）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
20	2006年10月21日： 2006年10月23日	第３回　唾液腺研究からの生理機能研究、その戦略的展開（第３回Niels Stensen　唾液腺シンポジウムと合同開催）	代表者：村上　政隆（自然科学研究機構　岡崎統合バイオサイエンスセンター）担当者：村上　政隆（ナノ形態生理）
4	2006年10月31日： 2006年11月01日	細胞死研究の新たな展開と関連する素過程	代表者：仁科　博史（東京医科歯科大学　難治疾患研究所）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
18	2006年11月09日： 2006年11月10日	DNA構造を基盤とするゲノム生理学の展開	代表者：水田　龍信（東京理科大学　生命科学研究所）担当者：永山　國昭（ナノ形態生理）
24	2006年11月15日： 2006年11月16日	痛みの分子機構と治療戦略研究会	代表者：仙波　恵美子（和歌山県立医科大学　医学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
9	2006年11月16日： 2006年11月17日	カルシウムシグナリング研究の新潮流（２）	代表者：徳田　雅明（香川大学　医学部）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
12	2006年11月16日： 2006年11月17日	神経科学の道具としてのｆＭＲＩ研究会	代表者：本田　学（国立精神・神経センター　国立精神・神経センター神経研究）担当者：定藤　規弘（心理生理学）
26	2006年11月30日： 2006年12月01日	シナプス形成と可塑性機構獲得の統合的理解へ向けた学際的アプローチ	代表者：大塚　稔久（富山大学　大学院医学薬学研究部）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
16	2006年12月04日： 2006年12月05日	シナプス伝達の細胞分子調節機構	代表者：神谷　温之（北海道大学大学院医学研究科）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
15	2006年12月07日： 2006年12月08日	大脳皮質機能単位の神経機構	代表者：金子　武嗣（京都大学　大学院医学研究科）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
5	2006年12月12日： 2006年12月13日	上皮膜輸送活性化因子を探して：宿主防御バリアーの最前線	代表者：中張　隆司（大阪医科大学　医学部）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
11	2006年12月13日： 2006年12月15日	脳磁場計測によるヒト脳機能マッピング	代表者：柿木　隆介（自然科学研究機構　生理学研究所）担当者：柿木　隆介（感覚運動調節）
6	2006年12月19日： 2006年12月20日	イオンチャネル・トランスポーターと心血管機能：最近の知見と今後の展開	代表者：亀山　正樹（鹿児島大学　大学院医歯学総合研究科）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
25	2007年01月11日： 2007年01月12日	体温調節、温度受容研究会	代表者：永島　計（早稲田大学　人間科学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
13	2007年01月17日： 2007年01月18日	高次脳機能研究の新展開	代表者：高田　昌彦（（財）東京都医学研究機構　東京都神経科学総合研究所）担当者：南部　篤（生体システム）
19	2007年01月25日： 2007年01月26日	位相差断層電子顕微鏡の医学・生物学的応用	代表者：金子　康子（埼玉大学　理学部）担当者：永山　國昭（ナノ形態生理）
27	2007年03月11日	Fmθ研究会	代表者：逵本　徹（自然科学研究機構生理学研究所）担当者：逵本　徹（自然科学研究機構生理学研究所）

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No.	日付	内容	氏名
8	2006年06月07日： 2006年09月08日	Neuro-glio-vascular interaction におけるプリン作動性シグナリングの病態生理的機能	代表者：南　雅文（北海道大学　大学院薬学研究科）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
7	2006年06月08日： 2006年06月09日	視知覚への多角的アプローチ　—生理、心理物理、計算論３	代表者：塩入　諭（東北大学電気通信研究所）担当者：小松　英彦（感覚認知情報）
23	2006年06月12日： 2006年06月13日	ＴＲＰチャネル研究会	代表者：井上　隆司（福岡大学　医学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
22	2006年06月26日： 2006年06月27日	バイオ分子センサー研究会	代表者：富永　真琴（自然科学研究機構　岡崎統合バイオサイエンスセンター）担当者：岡村　康司（神経分化）
10	2006年06月28日： 2006年06月29日	シナプス可塑性の分子的基盤	代表者：高橋　正身（北里大学　医学部）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
14	2006年07月24日： 2006年07月26日	Recent advances in cortical and hippocampal neural microcircuit studies　大脳皮質・海馬の局所神経回路研究	代表者：吉村　由美子（名古屋大学　環境医学研究所）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
3	2006年09月25日： 2006年09月26日	病態糖鎖研究会	代表者：辻　崇一（東海大学　未来科学技術共同研究センター）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
1	2006年09月28日： 2006年09月29日	膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて	代表者：老木　成稔（福井大学　医学部）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
2	2006年10月05日： 2006年10月06日	細胞シグナリングの時空間統御機構解明への方略探索	代表者：曽我部　正博（名古屋大学大学院医学系研究科）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
20	2006年10月21日： 2006年10月23日	第３回　唾液腺研究からの生理機能研究、その戦略的展開（第３回Niels Stensen　唾液腺シンポジウムと合同開催）	代表者：村上　政隆（自然科学研究機構　岡崎統合バイオサイエンスセンター）担当者：村上　政隆（ナノ形態生理）
4	2006年10月31日： 2006年11月01日	細胞死研究の新たな展開と関連する素過程	代表者：仁科　博史（東京医科歯科大学　難治疾患研究所）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
18	2006年11月09日： 2006年11月10日	DNA構造を基盤とするゲノム生理学の展開	代表者：水田　龍信（東京理科大学　生命科学研究所）担当者：永山　國昭（ナノ形態生理）
24	2006年11月15日： 2006年11月16日	痛みの分子機構と治療戦略研究会	代表者：仙波　恵美子（和歌山県立医科大学　医学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
9	2006年11月16日： 2006年11月17日	カルシウムシグナリング研究の新潮流（２）	代表者：徳田　雅明（香川大学　医学部）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
12	2006年11月16日： 2006年11月17日	神経科学の道具としてのｆＭＲＩ研究会	代表者：本田　学（国立精神・神経センター　国立精神・神経センター神経研究）担当者：定藤　規弘（心理生理学）
26	2006年11月30日： 2006年12月01日	シナプス形成と可塑性機構獲得の統合的理解へ向けた学際的アプローチ	代表者：大塚　稔久（富山大学　大学院医学薬学研究部）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
16	2006年12月04日： 2006年12月05日	シナプス伝達の細胞分子調節機構	代表者：神谷　温之（北海道大学大学院医学研究科）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
15	2006年12月07日： 2006年12月08日	大脳皮質機能単位の神経機構	代表者：金子　武嗣（京都大学　大学院医学研究科）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
5	2006年12月12日： 2006年12月13日	上皮膜輸送活性化因子を探して：宿主防御バリアーの最前線	代表者：中張　隆司（大阪医科大学　医学部）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
11	2006年12月13日： 2006年12月15日	脳磁場計測によるヒト脳機能マッピング	代表者：柿木　隆介（自然科学研究機構　生理学研究所）担当者：柿木　隆介（感覚運動調節）
6	2006年12月19日： 2006年12月20日	イオンチャネル・トランスポーターと心血管機能：最近の知見と今後の展開	代表者：亀山　正樹（鹿児島大学　大学院医歯学総合研究科）担当者：岡田　泰伸（機能協関）
25	2007年01月11日： 2007年01月12日	体温調節、温度受容研究会	代表者：永島　計（早稲田大学　人間科学部）担当者：富永　真琴（細胞生理）
13	2007年01月17日： 2007年01月18日	高次脳機能研究の新展開	代表者：高田　昌彦（（財）東京都医学研究機構　東京都神経科学総合研究所）担当者：南部　篤（生体システム）
19	2007年01月25日： 2007年01月26日	位相差断層電子顕微鏡の医学・生物学的応用	代表者：金子　康子（埼玉大学　理学部）担当者：永山　國昭（ナノ形態生理）
27	2007年03月11日	Fmθ研究会	代表者：逵本　徹（自然科学研究機構生理学研究所）担当者：逵本　徹（自然科学研究機構生理学研究所）