研究会も毎年件数は増加しており２２年度は２２件が採択され約１,０００名の研究者が参加した。２３年度は２４件の開催が予定されている。各研究会では，具体的なテーマに絞った内容で国内の最先端の研究者を集め活発な討論が行われており，これをきっかけとして新たな共同研究が研究所内外で進展したり，科学研究費補助金「特定領域」が発足したりすることも多い。たとえば，１９９４～１９９６（平成６～８）年に「グリア研究若手の会」として行われた研究会はその後，特定領域 (B)「グリア細胞による神経伝達調節機構の解明」へと繋がり，その後現在の「グリア神経回路網」の特定領域と発展した。また，バイオ分子センサー関係の生理研研究会が２０年度から発足した特定領域研究「セルセンサー」に繋がった。この他，毎年行われるいわゆるシナプス研究会や痛みに関する研究会は，それぞれの日本における研究者コミュニティを形成する上で大いに役に立っており，新分野の創成にも貢献している。

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研究会：2008年度

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No.	日付	内容	氏名
6	2008年04月16日： 2008年04月18日	日本における脳科学研究および教育の現状と将来に関する検討会：多次元共同脳科学推進センターキックオフシンポジウム	代表者：川人　光男（国際電気通信基礎技術研究所脳情報研究所）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
4	2008年05月22日： 2008年05月23日	糖鎖機能研究会・・・分子レベルでの解明を目指して	代表者：辻　崇一（東海大学未来科学技術共同研究センター）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
15	2008年05月29日： 2008年05月31日	Motor　Control　研究会	代表者：五味　裕章（NTTコミュニケーション科学基礎研究所）担当者：伊佐　正（認知行動発達機構）
7	2008年06月05日： 2008年06月06日	シナプス可塑性の分子基盤	代表者：大塚　稔久（富山大学大学院医学薬学研究部）担当者：深田　正紀（生体膜）
22	2008年06月05日： 2008年06月06日	TRPチャネルの機能的多様性とその統一的理解	代表者：森　泰生（京都大学大学院工学研究科）担当者：富永　真琴（細胞生理）
9	2008年06月12日： 2008年06月13日	視知覚研究の融合を目指して－生理、心理物理、計算論	代表者：西田　眞也（NTTコミュニケーション科学基礎研究所人間情報部）担当者：小松　英彦（感覚認知情報）
19	2008年07月16日： 2008年07月17日	上皮膜輸送制御の分子機構：体内環境恒常性維持機構解明を目指して	代表者：丸中　良典（京都府立医科大学大学院医学研究科）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
3	2008年09月04日： 2008年09月05日	膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて	代表者：老木　成稔（福井大学医学部）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
18	2008年09月04日： 2008年09月05日	病態と細胞外プリンー治療標的としての可能性を探る	代表者：加藤　総夫（東京慈恵会医科大学医学部）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
16	2008年09月11日： 2008年09月12日	認知神経科学の先端　動機づけと社会性の脳内メカニズム	代表者：松元　健二（玉川大学・脳科学研究所）担当者：伊佐　正（認知行動発達機構）
24	2008年09月18日： 2008年09月19日	体温調節、温度受容研究会	代表者：小林　茂夫（京都大学大学院情報学研究科）担当者：富永真琴（細胞生理）
17	2008年09月19日： 2008年09月20日	新たなコンセプトでシナプス伝達機構を考える	代表者：福田　敦夫（浜松医科大学医学部）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
20	2008年09月26日： 2008年09月27日	中枢・末梢臓器間連携による摂食、エネルギー代謝調節	代表者：矢田　俊彦（自治医科大学医学部）担当者：箕越　靖彦
2	2008年10月02日： 2008年10月03日	細胞機能を制御するシグナリング機構の普遍性と特異性	代表者：久野　みゆき（大阪市立大学大学院医学研究科）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
1	2008年11月19日： 2008年11月20日	イオンチャネル・トランスポーターと心血管機能：学際的取り組みによる新戦略	代表者：古川　哲史（東京医科歯科大学難治疾患研究所）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
13	2008年11月27日： 2008年11月28日	感覚刺激・薬物による快・不快情動生成機構とその破綻	代表者：南　雅文（北海道大学大学院薬学研究院）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
14	2008年11月27日： 2008年11月28日	大脳皮質機能単位の神経機構	代表者：金子　武嗣（京都大学大学院医学研究科）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
10	2008年12月04日： 2008年12月05日	理論と実験の融合による神経回路機能の統合的理解２	代表者：深井　朋樹（（独）理化学研究所脳科学総合研究センター）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
12	2008年12月04日： 2008年12月05日	シナプス成熟と可塑性のダイナミクス	代表者：渡部　文子（東京大学医科学研究所）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
25	2008年12月04日： 2008年12月05日	第二回伴侶動物の臨床医学研究会	代表者：丸尾　幸嗣（岐阜大学応用生物科学部）担当者：木村　透（動物実験センター）
11	2008年12月15日： 2008年12月16日	大脳皮質－大脳基底核連関と前頭葉機能	代表者：宮地　重弘（京都大学霊長類研究所）担当者：南部　篤（生体システム）
21	2008年12月20日： 2008年12月21日	電子顕微鏡機能イメージング法の展開「生物科学・材料科学における立体像構築と位相情報抽出」	代表者：臼田　信光（藤田保健衛生大学医学部）担当者：永山國昭（ナノ形態）
23	2009年01月22日： 2009年01月23日	筋・骨格系と内臓の痛み研究会	代表者：水村　和枝（名古屋大学環境医学研究所）担当者：富永真琴（細胞生理）
5	2009年03月12日： 2009年03月13日	神経系の発生・分化・再生に関する研究の新展開	代表者：宮田　卓樹（名古屋大学大学院医学系研究科）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
8	2009年03月17日： 2009年03月18日	細胞死研究の多面的、包括的理解に向けて	代表者：清水　重臣（東京医科歯科大学難治疾患研究所）担当者：岡田　泰伸（機能協関）

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No.	日付	内容	氏名
6	2008年04月16日： 2008年04月18日	日本における脳科学研究および教育の現状と将来に関する検討会：多次元共同脳科学推進センターキックオフシンポジウム	代表者：川人　光男（国際電気通信基礎技術研究所脳情報研究所）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
4	2008年05月22日： 2008年05月23日	糖鎖機能研究会・・・分子レベルでの解明を目指して	代表者：辻　崇一（東海大学未来科学技術共同研究センター）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
15	2008年05月29日： 2008年05月31日	Motor　Control　研究会	代表者：五味　裕章（NTTコミュニケーション科学基礎研究所）担当者：伊佐　正（認知行動発達機構）
7	2008年06月05日： 2008年06月06日	シナプス可塑性の分子基盤	代表者：大塚　稔久（富山大学大学院医学薬学研究部）担当者：深田　正紀（生体膜）
22	2008年06月05日： 2008年06月06日	TRPチャネルの機能的多様性とその統一的理解	代表者：森　泰生（京都大学大学院工学研究科）担当者：富永　真琴（細胞生理）
9	2008年06月12日： 2008年06月13日	視知覚研究の融合を目指して－生理、心理物理、計算論	代表者：西田　眞也（NTTコミュニケーション科学基礎研究所人間情報部）担当者：小松　英彦（感覚認知情報）
19	2008年07月16日： 2008年07月17日	上皮膜輸送制御の分子機構：体内環境恒常性維持機構解明を目指して	代表者：丸中　良典（京都府立医科大学大学院医学研究科）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
3	2008年09月04日： 2008年09月05日	膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて	代表者：老木　成稔（福井大学医学部）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
18	2008年09月04日： 2008年09月05日	病態と細胞外プリンー治療標的としての可能性を探る	代表者：加藤　総夫（東京慈恵会医科大学医学部）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
16	2008年09月11日： 2008年09月12日	認知神経科学の先端　動機づけと社会性の脳内メカニズム	代表者：松元　健二（玉川大学・脳科学研究所）担当者：伊佐　正（認知行動発達機構）
24	2008年09月18日： 2008年09月19日	体温調節、温度受容研究会	代表者：小林　茂夫（京都大学大学院情報学研究科）担当者：富永真琴（細胞生理）
17	2008年09月19日： 2008年09月20日	新たなコンセプトでシナプス伝達機構を考える	代表者：福田　敦夫（浜松医科大学医学部）担当者：鍋倉　淳一（生体恒常機能発達機構）
20	2008年09月26日： 2008年09月27日	中枢・末梢臓器間連携による摂食、エネルギー代謝調節	代表者：矢田　俊彦（自治医科大学医学部）担当者：箕越　靖彦
2	2008年10月02日： 2008年10月03日	細胞機能を制御するシグナリング機構の普遍性と特異性	代表者：久野　みゆき（大阪市立大学大学院医学研究科）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
1	2008年11月19日： 2008年11月20日	イオンチャネル・トランスポーターと心血管機能：学際的取り組みによる新戦略	代表者：古川　哲史（東京医科歯科大学難治疾患研究所）担当者：久保　義弘（神経機能素子）
13	2008年11月27日： 2008年11月28日	感覚刺激・薬物による快・不快情動生成機構とその破綻	代表者：南　雅文（北海道大学大学院薬学研究院）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
14	2008年11月27日： 2008年11月28日	大脳皮質機能単位の神経機構	代表者：金子　武嗣（京都大学大学院医学研究科）担当者：川口　泰雄（大脳神経回路論）
10	2008年12月04日： 2008年12月05日	理論と実験の融合による神経回路機能の統合的理解２	代表者：深井　朋樹（（独）理化学研究所脳科学総合研究センター）担当者：井本　敬二（神経シグナル）
12	2008年12月04日： 2008年12月05日	シナプス成熟と可塑性のダイナミクス	代表者：渡部　文子（東京大学医科学研究所）担当者：重本　隆一（脳形態解析）
25	2008年12月04日： 2008年12月05日	第二回伴侶動物の臨床医学研究会	代表者：丸尾　幸嗣（岐阜大学応用生物科学部）担当者：木村　透（動物実験センター）
11	2008年12月15日： 2008年12月16日	大脳皮質－大脳基底核連関と前頭葉機能	代表者：宮地　重弘（京都大学霊長類研究所）担当者：南部　篤（生体システム）
21	2008年12月20日： 2008年12月21日	電子顕微鏡機能イメージング法の展開「生物科学・材料科学における立体像構築と位相情報抽出」	代表者：臼田　信光（藤田保健衛生大学医学部）担当者：永山國昭（ナノ形態）
23	2009年01月22日： 2009年01月23日	筋・骨格系と内臓の痛み研究会	代表者：水村　和枝（名古屋大学環境医学研究所）担当者：富永真琴（細胞生理）
5	2009年03月12日： 2009年03月13日	神経系の発生・分化・再生に関する研究の新展開	代表者：宮田　卓樹（名古屋大学大学院医学系研究科）担当者：池中　一裕（分子神経生理）
8	2009年03月17日： 2009年03月18日	細胞死研究の多面的、包括的理解に向けて	代表者：清水　重臣（東京医科歯科大学難治疾患研究所）担当者：岡田　泰伸（機能協関）