- 糖鎖病態研究会
（代表者：等 誠司 2004年7月8日−7月9日）
- 細胞内シグナル伝達機構の多角的・包括的理解
（代表者：宮脇 敦史 2004年10月7日−10月8日）
- 細胞死の新たな生理機能とそのシグナル伝達
（代表者：三浦正幸 2004年11月29日−11月30日）
- 消化管機能−吸収分泌機能の病態生理
（代表者：鈴木裕一 2004年12月16日−17日）
- 上皮輸送の新たなる展開：生体防御の最前線
（代表者：丸中良典 2004年11月16日−11月17日）
- 視知覚への多角的アプローチ-生理，心理物理，計算論的アプローチ
（代表者：塩入 諭 2004年6月17日−6月18日）
- シナプス可塑性の分子機構研究と精神神経疾患研究の接点を探る
（代表者：畑 裕 2004年5月27日−5月28日）
- 痛み情報伝達におけるATPおよびアデノシンの生理機能
（代表者：井上 和秀 2004年8月26日−8月27日）
- カルシウムシグナリング研究の新潮流
（代表者：山内 卓 2004年11月18日−11月19日）
- 脳磁場計測によるヒト脳機能マッピング 第5回脳磁場ニューロイメージング
（代表者：柿木隆介 2004年12月13日−12月14日）
- 高次脳機能研究の新展開
（代表者：高田昌彦 2005年1月17日−1月18日）
- 神経回路の機能の成り立ちに関する学際的研究
（代表者：久保義弘 2004年12月2日−12月3日）
- 第3回 大脳皮質・視床・基底核の神経回路
（代表者：金子武嗣 2004年10月6日−10月7日）
- 生理研研究会「機能的MRI研究会」
（代表者：程 康 2004年11月25日−11月26日）
- 電子位相顕微鏡法の医学的・生物学的応用−Tomographyへの展開をめざして
（代表者：臼田信光 2005年3月24日−3月25日）
- DNA構造を基盤とするゲノム生理学の展開
（代表者：加藤幹男 2004年11月4日−11月5日）
- 唾液腺研究からの生理機能研究，その戦略的展開
（代表者：杉谷博士，村上政隆 2005年2月28日−3月1日）
- バイオ分子センサー研究会
（代表者：富永真琴 2004年9月9日−9月10日）
- Naチャネルと細胞機能
（代表者：緒方 宣邦 2004年6月24日−6月25日）
- シナプス伝達の細胞分子調節機構
（代表者：小松由紀夫 2004年11月26日−11月27日）
- 心臓血管系イオンチャネルの機能障害に基づく病態発症機構の解明とその治療戦略の構築
（代表者：松浦 博 2005年3月8日−3月9日）
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