生理学研究所は１９９１（平成３）年に３７チャンネルの大型脳磁場計測装置（脳磁計）が日本で初めて導入されて以後，日本におけ る脳磁図研究のパイオニアとして，質量共に日本を代表する研究施設として世界的な業績をあげてきた。同時に，大学共同利用機関として，脳磁計が導入されて いない多くの大学の研究者が生理学研究所の脳磁計を用いて共同利用研究を行い，多くの成果をあげてきた。現在，脳磁計を共同利用機器として供用している施 設は，日本では生理学研究所のみである。２００２（平成１４）年度には基礎脳科学研究用に特化した全頭型脳磁計を新たに導入し，臨床検査を主業務として使 用されている他大学の脳磁計では行い得ない高レベルの基礎研究を行っている。脳磁計を用いた共同利用研究としては「判断，記憶，学習などの高次脳機能発現 機序」「感覚機能及び随意運動機能の脳磁場発現機序」という２つの研究テーマを設定し募集している。また今後は，他の非侵襲的検査手法である，機能的磁気 共鳴画像(fMRI)，経頭蓋磁気刺激 (TMS)，近赤外線スペクトロスコピー (NIRS) との併用をいかに行っていくが重要な問題になると思われる。