生活費の支援
入学者全員に入学料相当額の生理研奨学金を支給します。
日本人大学院生全員（日本学術振興会DC受給者を除く）がリサーチアシスタント（RA）として雇用され、年額約100万円が支給されます。また2018年以降に入学した学生については、入試の成績が極めて優秀な学生は年額約170万円、優秀な学生は年額約140万円で雇用されます。
キャリアサポート
生理研若手科学者賞
生理学研究所では、顕著な研究成果を上げた大学院生を顕彰する「生理研若手科学者賞」を設けました。以下の要件を満たした早期修了者を対象に生理研若手科学者賞を授与します。受賞者には、生理学研究所の博士研究員としてのポジションが一定期間（本来卒業するまでの期間）保証されます。
博士後期課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が３報以上あり、うち少なくとも１報の筆頭著者であること。
５年一貫制課程：大学院課程において主体的に行った研究成果についての査読英語論文（印刷済みあるいは印刷中）が４報以上あり、うち少なくとも２報の筆頭著者であること。
