5年一貫制博士課程：大学卒相当以上で入学し、5年間の標準修業年限で博士（理学）、博士（脳科学）、博士（学術）の取得を目指します。これらに加えて、国内の6年制医学部、歯学部、獣医学部、薬学部の卒業者および医科学修士の修了者を対象として、4年の標準修業年限で博士（医学）を取得するコースがあります。

博士後期課程：大学院修士課程修了相当で入学し、3年間の標準修業年限で博士（理学）、博士（脳科学）、博士（学術）の取得を目指します。また、6年制の医学部、歯学部、獣医学部、薬学部卒業者も、修士相当の学力があることを条件に本課程に入学することができます。

　生理学研究所では、人のからだと脳のはたらきおよびその仕組みの解明を究極の目標として、分子から細胞、器官、システム、個体、社会行動に至る様々な階層で世界トップレベルの研究を行っています。その研究成果は、人体の正常な機能の理解ばかりでなく、様々な疾患の病態の理解や治療法の開発の基礎にもつながります。
大学共同利用機関の特徴として、磁気共鳴断層画像装置、クライオ電子顕微鏡といった高度な研究装置を存分に利用した研究も可能であり、他大学との共同研究も盛んです。国内外の研究者を招いてセミナー、研究会が頻繁に開催されており、国際シンポジウムも毎年実施されます。
このように恵まれた教育・研究環境のもと、未来の生命科学研究に夢と希望をかける意欲のある大学院生を募集しています。