各研究会では，具体的なテーマに絞った内容で国内の最先端の研究者を集め活発な討論が行なわれています。研究会の開催により、新たな共同研究の開始や研究者コミュニティーの形成、分野横断的な研究のシーズ発掘に貢献しています。また、科学研究費補助金による領域研究の発足につながった研究会もあります。
新型コロナウイルス感染症の影響により、オンライン会議システムが広く普及した結果、2023年度以降研究会は、対面開催のみならず、オンラインと対面を併用するハイブリッド形式でも行われています。また、岡崎地区以外での生理学研究所研究会の開催により、開催地周辺の大学や研究者コミュニティへの貢献を目指しています。2026年度は19件の研究会開催が予定されており、このうちの1件が生理学研究所外で実施される予定です。
