動物資源共同利用研究センターは，2019年4月に「動物実験センター」から同名称に改称されました。動物資源共同利用研究センターは，生理学，基礎生物学及び分子科学の基礎研究に必要な実験動物の飼育管理と動物実験を行うための機構共通の研究施設です。施設は明大寺地区と山手地区にそれぞれ設置され，合計床面積が約7300平方メートルの規模を誇る我が国でもトップクラスの動物実験施設です。マウス・ラット・マーモセット・ニホンザルなどの哺乳類やアフリカツメガエル・メダカ・ゼブラフィッシュなどの水生動物を飼養・保管し，実験に供しています。
動物資源共同利用研究センターでは，機構内のみならず国内・外における実験動物を用いた生命科学研究の支援と共同利用を推進するために，実験動物と動物実験に関する倫理面や関連する規制を遵守しながら，
１）マウスをはじめとする各種実験動物の適切な飼育管理，
２）遺伝子改変マウスの胚移植と凍結保存，
３）獣医学的診断，微生物学検査，疾病防止に関する手法の改善と新規開発，
４）動物実験に関わる研究，教育，啓発，情報提供，技術指導などを実施しています。
これらの機能を確実に果たすために，温度・湿度等の環境要因を一年中均一にコントロールした施設，微生物学的品質管理に優れた個別換気ケージ用ラック，サルの飼育に適した特殊ケージなどの高度な飼育機材や洗浄・滅菌装置，実験動物の健康チェックや微生物学的検査を行うためのバイオハザード対策クラス II キャビネットや血液生化学的検査機器等が設置されています。また， 2020年に改修・増築を終えた明大寺地区動物棟 Iはマウス・ラット専用 SPF 飼養・保管施設とし，胚操作室，検疫室，微生物学的検査室，SPFレベルで慢性実験が可能な動物実験室，P2A レベル動物飼養・保管施設および実験室が設置されました。
このように，動物資源共同利用研究センターには近代的な設備が装備されており，再現性に優れた精度の高い動物実験を行うことができます。
