近年、Serial block-face scanning electron microscopy (SBF-SEM)をはじめとする走査型電子顕微鏡(SEM)を用いた連続断面観察法が開発され、電子顕微鏡レベルの連続画像の取得と3次元再構築が広く用いられるようになってきている。こうした手法はミトコンドリアや小胞体などの膜性オルガネラや細胞の形態を観察するには非常に強力な手法であり、また高いスループットを持つことから、様々なトランスジェニックマウスや疾患モデルの解析に有効である。また蛍光蛋白や特定のマーカーを発現する細胞の形態学的解析も、種々のラベル法を併用することで可能となる。本発表ではSBF-SEMを中心にSEMを用いた生物組織の3次元超微形態解析法の特徴と最新の応用例を紹介するとともに、その試料作製を改良にする最近の試みについても紹介したい。