2019年度は20 件が実施され、約1,000名の研究者が参加しました。2020年度は20件の開催が予定されています。各研究会では，具体的なテーマに絞った内容で国内の最先端の研究者を集め活発な討論が行なわれており，これをきっかけとして新たな共同研究が研究所内外で進展したり，科学研究費補助金「特定領域」「新学術領域」が発足したりすることも多くなっています。たとえば，1994～1996年度に「グリア研究若手の会」として行なわれた研究会はその後，特定領域（B）「グリア細胞による神経伝達調節機構の解明」へと繋がり，その後「グリア神経回路網」の特定領域と発展しました。また，バイオ分子センサー関係の生理研研究会が2008年度から発足した特定領域研究「セルセンサー」に繋がりました。この他，2015年度に立ち上がった新学術領域研究「温度生物学」および「オシロロジー」も、生理研研究会が発足の足がかりとなったものです。また、毎年行われるいわゆるシナプス研究会や痛みに関する研究会は，それぞれの日本における研究者コミュニティを形成する上で大いに役に立っており，新分野の創成にも貢献しています。
　生理学研究所の研究者コミュニティーへの貢献、大学の機能強化への貢献の一環と して、2016年度には試行的に岡崎地区以外での生理学研究所研究会を1件開催しました。具体的には「心臓・血管系の包括的な機能統合研究」が九州大学にて開催されました。九州地区からの参加者多数で盛況であったことから、2017年度には2件、「脳の階層的理解を目指して」が東北大学にて、「ヒト脳イメージング研究会」が玉川大学にて開催されました2018年度には、名古屋地区ならびに東京地区で各1件、2019年度には大阪地区で1件開催されました。なお、2020年度は、国際研究集会が九州地区で１件開催される予定です。
　研究会に関しても同じ内容で毎年開催されることの是非について討論されました。その結果2013年度開催申請分から下記のように公募要項を改訂しました。

１）研究会 ：本研究会を通して，新分野の創成と新技術の創出を目指す比較的小人数（100名程度以内）の研究討論集会で，メンバーのうち少なくとも1名は生理学研究所の教授又は准教授の参加が必要です。（旅費の一部を支給します。）
２）期間：3日間を限度とします。
３）開催場所：自然科学研究機構岡崎地区において実施していただきます。なお，岡崎コンファレンスセンターを利用することができます。利用申込みに際しての詳細は，国際研究協力課共同利用係（電話 0564-55-7138（ダイヤルイン））に問い合わせてください。
４）研究報告書：研究会終了後，30日以内に提案代表者から所長へ提出していただきます。
５）その他：同一課題の研究会の継続は，3年で見直します。さらに継続をご希望される場合は，討論内容に新たな展開があることを求めます。

過去の研究会リスト