生体機能イメージング共同利用実験（2011年度までの磁気共鳴装置共同利用実験と生体磁気測定装置共同利用実験を統合。）

　生理学研究所の大型生体機能イメージング機器は磁気共鳴装置と脳磁場計測装置があり，2011年度まではそれぞれ独立して共同利用実験申請を受け付けて審査していました。しかし，両方の機器を使用する利用者が多いこと，また審査を共通にする方が効率的であることから，2012年度からは両共同利用実験を統合して生体機能イメージング共同利用実験とすることが決定されました。2021年度は、44件が実施され、2022年度には31件の実施が予定されています。この減少は脳磁計の共同利用停止に伴うものです（後述）。
　磁気共鳴装置については「生体内部の非破壊三次元観察」と「生体活動に伴う形態及びエネルギー状態の連続観察（含む脳賦活検査）」というそれぞれ2つの研究テーマを設定し募集しています。現在稼働している最も古い装置は2000年度に導入されたもので，3テスラという高い静磁場により通常の装置（1.5テスラ）に比較して2倍の感度をもち，特に脳血流計測による脳賦活実験においては圧倒的に有利です。また，特別な仕様を施してサルを用いた脳賦活実験をも遂行できるようにした点が，他施設にない特色です。さらに，実験計画，画像データ収集ならびに画像統計処理にいたる一連の手法を体系的に整備してあり，単に画像撮影装置を共同利用するにとどまらない，質の高い研究を共同で遂行できる環境を整えて，研究者コミュニティのニーズに応えようとして来ました。さらに，2010年度には2台を連動させ，コミュニケーション時の脳活動を計測が可能なdual systemを導入し，社会脳の研究への大きな貢献とともに新たな研究分野の開拓が期待されています。2014年度には，ヒト用の7テスラという極めて高い磁場を持つ磁気共鳴装置が導入され，2015年度稼働開始しました。2017年度は、撮像と画像処理に関する技術的検討・開発のための共同利用実験に供することとなり、2 件を、2018年度は5件を採択しました。2018年度に安定な稼働が確実となったため，広く共同利用実験全般に供しています。
　生理学研究所は1991年度に37チャンネルの大型脳磁場計測装置（脳磁計）が日本で初めて導入されて以後，日本における脳磁図研究のパイオニアとして，質量共に日本を代表する研究施設として世界的な業績をあげてきました。同時に，大学共同利用機関として，脳磁計が導入されていない多くの大学の研究者が生理学研究所の脳磁計を用いて共同利用研究を行ない，多くの成果をあげてきました。2002年度には基礎脳科学研究用に特化した全頭型脳磁計を新たに導入し，臨床検査を主業務として使用されている他大学の脳磁計では行ない得ない高レベルの基礎研究を行なってきましたが、設置後20年を迎えて、2022年3月末日を持って廃止となりました。